Presentación

Me acaban de confirmar la aceptación de mi nuevo proyecto, FreePhyloTree, en el CUSL5, y aquí inauguro éste blog para ir informando de mi progreso, mis ideas, mis peleas con las librerías, los intentos de suicidio a los que sobreviva y demás florituras que acaezcan en el desarrollo de éste proyecto.

Antes que nada (y por tercera vez, tanto en el CUSL5, como en la forja), explicaré en qué consiste el proyecto. Se llama FreePhyloTree, y es una herramienta de visualización 3D de árboles filogenéticos, también llamados filogramas. ¿Qué es un filograma?, pues un árbol que refleja las relaciones evolutivas entre especies.

Por ejemplo, éste es un filograma bonito y decorado:



Este árbol refleja, por ejemplo, como nosotros estamos más emparentados con los roedores que con las gallinas, ya que el ancestro común con los roedores es posterior al ancestro común con las gallinas, que está más cerca de la raíz. Y también refleja que existe un ancestro común a todos: la raíz del árbol. Para más información sobre la clasificación de las especies y los árboles filogenéticos, pueden visitar éste artículo de mi otro blog: clasificación de los seres vivos. Existen muchas maneras de representar árboles filogenéticos, y aquí se muestran otros ejemplos:

Por mi parte, quiero crear árboles filogenéticos con una apariencia como ésta:



Esta imagen tan bonita y elegante no es ni más ni menos que Gource, una herramienta hecha por google para visualizar el historial de cambios de un proyecto bajo git. Cada nodo de ese árbol es un directorio, y cada hoja, un fichero del proyecto. Gource crea una animación que va modificando ese árbol a la par que se van modificando los ficheros del proyecto (es decir, a medidas que se suceden las versiones del repositorio).

Cuando conocí dicho software, sencillamente me encantó. Unido ésto a que me interesa el campo de la evolución biológica y que además no conocía ningún software que ayudara a su estudio, cuando decidí inscribirme al CUSL5 no se me ocurrió otra cosa que fusionar ambas ideas.

Visualizadores de árboles filogenéticos, existen muchos. Libres menos, pero también los hay, y en realidad hay bastantes. En 3D, también. Pero ninguno es una herramienta didáctica, es sencillamente eso, un visualizador. En FreePhyloTree se pretende camuflar una especie de enciclopedia sobre evolución biológica dentro de un visualizador de árboles filogenéticos: visualizando el árbol, se conocen las relaciones evolutivas, y seleccionando cierto clado, se obtiene la información textual que ayuda a entender su historia y contexto evolutivo: historia de los descubrimientos, época geológica, contexto ecológico, etc. Llevar el seguimiento de la historia evolutiva de una especie se hace, así, mucho más fácil.

Todavía no tengo planificado de qué naturaleza será dicha "enciclopedia": si cada clado se anexará a una página wiki integrada con el sistema, si existirá una línea temporal, con qué tipos de árboles contaremos (filogramas o cronogramas, o una fusión de ambos), o de qué forma se interactuará con la base de datos.

Normalmente, diversos autores tienen diversas ideas sobre la historia evolutiva de un grupo de organismos, lo que provoca una obvia confusión en los estudiantes: es muy complicado entender la filogenia de una especie si en cada referencia se muestra una historia evolutiva distinta; así que también se pretenderá crear una visualización cómoda y comprensible de los distintos posibles árboles que relacionan a un mismo grupo de organismos.

El blog del proyecto, será el blog que estás leyendo. El repositorio principal está alojado en gitorious, y el repositorio secundario, y necesario para el CUSL5, estará alojado en la forja de rediris (pendiente de confirmación). En este último (ya que va con svn, -y ya va siendo hora de permitir git-) guardaré solo los commits importantes, los que añadan alguna funcionalidad nueva y así se facilite el seguimiento del repositorio (y de paso no ensuciamos el historial de commits y no volvemos loco a los evaluadores ;) ). La página principal del proyecto también es la ofrecida por la forja (pendiente de confirmación primero, y de construcción después).